UB en Folding@home! Eerste Belgische Team!

[Sandman]

Toen ik deze ochtend keek om 9u waren we net 'Madshrimps' gepasseerd met een voorsprong van 500 puntjes.

We staan ondertussen op plaats 140, dus zijn we op 6 maanden tijd nog eens 60 plaatsen gestegen.

Willen we even goed doen in de toekomst, dan moeten we echter nu steeds meer cpu power gaan gebruiken...

[meon]

Whee!
Inderdaad, zo te zien zijn er geen andere Belgische folding teams meer om over te springen. En de conquest-list ziet er niet mis uit. Als we blijven verder gaan zoals nu zouden we over 4 jaar wel eens in de top 50 kunnen staan!

[bambipower]

is er geen mogelijkheid voor een apart folding forum sub? Zodat alles over folding mooi bij elkaar blijft staan. Zou toch mogen nu als grootste belgische team

Btw. Extra CPU is idd nodig, willen we het nog veel verder schoppen

Grz bambi

[Sensei Zeon]

Wij zijn goe bezig, ook al zeggen ze van niet ))

Ok, bedankt al aan iedereen die mee doet en we gaan voor nog meer!!


* SeNsEi Ze0n zet nog eens 2 GHZ aan het werk

[meon]

Whaa, ik sta terug op 2e in de UB-rangschikking
Het heeft me 'slechts' het inzetten van 40 extra systemen gekost

Zeg, de mensen die ooit hebben meegedaan (dat zijn er een 90-tal), maar nu niet meer (momenteel ongeveer 29 actieve folders)... Welke is de reden dat jullie er mee opgehouden zijn?

[Seal]

Reinstall gedaan en de client nog niet opgezet

Zal da dezen avond eens doen hé.

[bambipower]

Reinstall gedaan en de client nog niet opgezet

Zal da dezen avond eens doen hé.

Ge ziet wat er van komt hé

nu heb ik je een plaatsje lager gezet

[NuKeM]

Zeg, de mensen die ooit hebben meegedaan (dat zijn er een 90-tal), maar nu niet meer (momenteel ongeveer 29 actieve folders)... Welke is de reden dat jullie er mee opgehouden zijn?

Het werd te warm op mijn kamer
Maar nu is het wat te koud, dus zal ik het maar snel even terug installeren

[CueBoy]

Het werd te warm op mijn kamer
Maar nu is het wat te koud, dus zal ik het maar snel even terug installeren

Aha, tijdens de zomer want minder intensief folden hé

[Dreeten]

Ik was het gestopt wegens een reinstall...
Kzou wel weer willen starten maar welke client raden jullie ondertussen aan? Der zijn der gelijk veel bijgekomen...
Grtz
Dreeten

[meon]

Wil je dat het compleet op de achtergrond draait? Dus dat het niet zichtbaar is en je er omzeggens geen ommeziens meer mee hebt?
Dan neem je de console-versie en installeert die als service (dat is een optie als je het configureert).
Als je echter mooi wilt kunnen zien hoe ver je zit, welke proteïne hij aan het vouwen is, hoe dat er uit ziet, .. neem je de graphical version. De screensaver-versie vind ik minder nuttig. En als je een ander besturingssysteem hebt, heb je zowieso al weinig keuze
Versie 5.02 of hoger zijn prima.

[bke]

*BkE heeft bijna 2 WU's af, ik zal direct al plaats of 5 omhoog gaan na lang niet meer gefold te hebben...

[Dreeten]

Khad die graphical version geprobeerd maar die gaf nie meteen de indruk iets te willen starten... stond al 10 min loading... (heb nu ook zoveel geduld niet ze)... Moet die toch werken normaalgezien?
Vroeger had ik die ook dacht ik en vond ik wel tof

[Dreeten]

Ok blijkt nu ondertussen toch gestart te zijn... tweede install doet het beter. Maar nu heb ik bij team number nog altijd 0 staan. Khad graag mee gedaan met het team...

[Sensei Zeon]

Dit is bij de configuratie in te stellen, rechts klikken en dan configure ofzo klikken, daar kan je dan als team nummer 34517 invullen.

[Krekkie]

Rechts klikken op het icoontje in de tray bar, configure kiezen en bij team number 34517 invullen.

Edit: hier ook al een echo

[Dreeten]

Ander vraagje... tot welke temperatuur gaat een gezonde processor hierbij?? Ddenk gelijk dat mijn toestel hier efkes in het rood gaat (is nochtans geen gewone 2ghz...)

[crapiecorn]

Hangt er wat vanaf. maar je kan stellen dat alles boven de 60 aan de te warme kant is.

[Nob]

Dunno, bij mij proc (1.2 Ghz AMD) krijg ik pas vanaf 90 graden blijvende schade ofzo. Die heeft is maanden aan een stuk > 70 graden geweest.

Geen enkel probleem mee voor de rest.

Intel is trouwens veel warmte-gevoeliger dan AMD.

greetz,

Nob

[meon]

Mis: Intel wordt minder warm als AMD... (ok, de 'laten-we-even-een-eitje-bakken-prescott) na.

[Nob]

Euhm meon, ik weet nog goed dat als een PIII 1 Ghz 60 graden werd, dat die begon raar te doen, terwijl ik dat met mijn AMD helemaal niet heb. (dus Intel kan zo goed niet tegen de warmte)

Ok, AMD wordt nu eenmaal warmer dan intel.

Dus beide stellingen gaan op.

greetz,

Nob

[meon]

Ik heb me verkeerd uitgedrukt. AMD's kunnen inderdaad beter tegen hoge temperaturen, maar ze ontwikkelen er dan ook wel érg veel. De palomino-core smelt gewoon zonder externe koeling, ik heb nog nooit een intel processor zichzelf zien opblazen, zonder technische storing (ook niet zonder koeling)
In dit soort discussies verwijs ik graag naar een bepaald filmpje uit tomshardware, maar de url weet ik niet zo meteen.

[Nob]

Mzz meon... ik denk dat een pIV zonder koeling 100 % stressed, wel snel de geest geeft.

ter info (algemeen): http://www.heatsink-guide.com/content.p ... temp.shtml

greetz,

Nob

[meon]

P4 stressen zonder koeling kan niet, die 'onderklokken' zichzelf normaal als ze te heet worden.

//edit: jaaaaa, video gevonden, na lang zoeken op THG: http://www12.tomshardware.com/images/th ... ooling.zip

[bke]

meon, dat wordt ook wel "throttlen" genoemd Gisteren zien gebeuren toen de p4 van een vriend 80 graden was... En als die echt veel te warm worden schakelen ze zichzelf uit.

[crapiecorn]

dt

de xp reeks van amd wordt idd warmer dan de northwood,..,maar dat probleem is grotendeels opgelost in de 64 reeks. Ik heb hier ook nog een 3000+ barton insteken,met een halve kilo koper er op kan die nog altijd rustig naar de 45 graden stressed gaan.

[kikker46]

Eindelijk in de top 20 geraakt.

Zo iets als snelste stijger .

[The_One_be]

Whaa, ik sta terug op 2e in de UB-rangschikking
Het heeft me 'slechts' het inzetten van 40 extra systemen gekost

NEEEE, weet je wel hoe lang ik er over gedaan heb met mijn 12 systeempjes om op plaats 2 te geraken

[meon]

nondepie, em is mij terug voor.
Dit wordt wel leuk op deze manier

[Blue-Sky]

@meon,
Back op nr. 2 Folding@home
2 [UB]meon 102691 2332

[meon]

Niet enkel dat, ook in 1 weg de 100.000 punten gepasseerd!

[Sandman]

@ meon en nob...

Bij hoge temperaturen schakelt een P4 op een lagere frequentie.
Maar bij een te hoge temperatuur, schakelen beide veilig uit.

Op dit moment zijn de P4 prescotts echte heethoofden, met ook nog stofzuigers als standaard ventilators... een amd 64 die is veel koeler, en ook nog eens zuiniger plus, als hij niet wordt belast schakelt hij zichzelf nog eens lager. (nog zuiniger en stiller...)

[kikker46]

Op dit moment zijn we weer aan het zakken met folders. Nu zit ik met een speciale WU.

Staat er :
Folding@Home QMD Core
Version 1.03 (Mar 24, 2005)

Preparing to commence simulation
- Assembly optimizations manually forced on.
- Not checking prior termination.
- Expanded 260889 -> 826145 (decompressed 316.6 percent)

Project: 1912 (Run 83, Clone 2, Gen 1)

Writing local files
Extra SSE2 boost OK.
Entering QMD...
System: p1912_ALA-dipeptide_umb2

Performing initial WF calculations
- <b>Number of total steps will change until convergence</b>
Verifying checksum
Finished
Completed <b>47</b> out of <b>2047</b> steps (2)

En zo blijft het dus steeds bij tellen hoe meer completed hoe meer out of steps.

Heeft iemand dit nogal meegemaakt ?

Mvg,

Kikker

[meon]

Tis verlof geweest voor velen en ik heb door het drukke werk niet geflushed
Ik heb nog zo'n 500 wu's liggen om te uploaden (vandaar dat ik ook tinkers gebruik).

[flamenca]

@ kikker: dat zijn de nieuwe cores
Info: Folding@Home with QMD core FAQ

The Folding@Home developers (primarily Young Min Rhee) have been working to incorporate a new molecular dynamics method into Folding@Home. This FAQ follows the form of our Gromacs FAQ.

1. As a participant of Folding@Home, is there anything I need to do? No. For the participants of Folding@Home, nothing new need be done, the update is automatic.

2. What is peculiar about QMD core? For other molecular dynamics simulation packages, interactions between atoms are described by an empirical potential energy (“force field approach”), which is an analytical function of atomic coordinates. In QMD core, there is no force field – atomic interaction is calculated using quantum chemical method or by solving Schrödinger equation.

3. What program are you using for QMD core? This core actually uses CPMD program. The program was modified for Folding@Home supercluster environment.

4. Why include QMD? What do you gain? For the scientists using Folding@Home, the results will be interesting. When carefully conducted, quantum chemical calculation gives a very reliable potential energy surface. Also, it can naturally incorporate multi-body interactions. In force field approach, such interactions are usually accounted through polarizability.

5. If it can be very reliable, why didn’t you use the method from the first time? The biggest problem of quantum chemical method is its speed and memory dependence. Simply, accurate methods usually take longer time and more memory. Such computational capability came in handy only very recently.

6. If it's slow, will the participants get less points? No, the points in the stats will still be benchmarked by the CPU time, so your stats won't be affected either.

7. How much memory does it use? It will have strong molecular system dependency, but for many systems it will be over 512 MB. We are planning to simulate some systems that will require up to 1GB of main memory (or even more).

8. What about SIMD (SSE/SSE2/3D-Now) support? QMD core uses double precision only. Therefore, only SSE2 will be useful. Currently, Intel Pentium 4 SSE2 is supported, and AMD Athlon64 SSE2 will be added soon.

9. What about Mac OS X support? We will be adding OS X support once the Win and Lin ports settle down. We are currently looking into what would be the best FORTRAN 90 compiler for OS X.

10. What about the current scientific codes? What will happen to them? Other cores will continue to perform for most calculations. In fact, the system of interest with QMD core will be very different from other cores. (In terms of size)

11. I'd like to learn more about CPMD. Where should I look? First, check out the CPMD web page. Also, a general theory of this program was firstly described in: R. Car and M. Parrinello, Phys. Rev. Lett. 55, 2471-2474 (1985).

updated on February 28, 2005



flamenca

[Krekkie]

For other molecular dynamics simulation packages, interactions between atoms are described by an empirical potential energy (?force field approach?), which is an analytical function of atomic coordinates. In QMD core, there is no force field ? atomic interaction is calculated using quantum chemical method or by solving Schrödinger equation.

Dat ze daar niet eerder op zijn gekomen

[flamenca]

Folding staat deze week ook in de Clickx onder de rubriek "Rust Roest - Laat je PC werken tijdens stille momenten"

Alleen heb ik de indruk dat hun uitleg niet 100% klopt:

Quote: Folding@home bijvoorbeeld http://folding.stanford.edu, waarbij onderzoek wordt gedaan naar de bestrijding van ziektes als Parkinson en Alzheimer. Ook dit project werkt, net als SETI@home via een screensaver

Uhm.... dat is een optie, maar anders werkt die toch ook gewoon op de achtergrond???

flamenca

[kikker46]

Jama, dan kan ik der niet meer op klikken (Clickx)...

Dus het moet wel de screensaver versie zijn of gewoon grafische client.

Mvg,

Kikker

[Blue-Sky]

Folding staat deze week ook in de Clickx onder de rubriek "Rust Roest - Laat je PC werken tijdens stille momenten"

Alleen heb ik de indruk dat hun uitleg niet 100% klopt:

Quote: Folding@home bijvoorbeeld http://folding.stanford.edu waarbij onderzoek wordt gedaan naar de bestrijding van ziektes als Parkinson en Alzheimer. Ook dit project werkt, net als SETI@home via een screensaver

Uhm.... dat is een optie, maar anders werkt die toch ook gewoon op de achtergrond???

flamenca

Je link kon niet werken daar er een komma staat, deze komma heb ik even gewist hier, in quote.

[flamenca]

@ Blue-Sky: ik ging er van uit dat iedereen die deze topic leest al aan t folden is

flamenca