Folding@Work

[meon]

Misschien zijn er die hetzelfde probleem hebben als ik en er ondertussen een oplossing voor hebben gevonden, but here it goes:

Ik zou graag op het werk ook kunnen folden (voor info hierover, klik op het folding-balkje onder m'n post), maar de firewall hier laat enkel http-connecties over poort 80 toe. Folding@Home gebruikt poort 8080 om de WU's over te verzenden/ontvangen. Dat werkt dus niet.

Nu merk ik dat op http://folding.stanford.edu/serverstat.html vermeld wordt dat er een aantal servers poort 80 ook beschikbaar hebben om WU's over te verdelen. M'n vraag is nu dus: hoe krijg ik de client zodanig ingesteld dat hij juist deze server moet gebruiken op die bepaalde poort?

Of hebben jullie nog andere ideeën?

(en bij deze ook nog eens een oproep voor alle non-folders op dit forum om zich mee in de strijd te werpen voor het goede doel!)

[Gast]

ik was deze week aan het lezen over folding, en ik zag dat er een manier is om WU op te slaan bvb op discette en deze dan op een offline machien te kunnen draaien. Hoe het juist werkt weet ik niet ten volle.

Poort 80 zou in uw geval misschien iets makkelijker zijn.

ik ben zelf benieuwd

[meon]

Ben trouwens eens gaan snuffelen voor andere Belgische folding-communities en kwam bij volgende uit:
Madshrimps (130): http://folding.extremeoverclocking.com/ ... s=&t=37249
Hardwareonline (164): http://folding.extremeoverclocking.com/ ... s=&t=34037

en wij staan op plaats 168. Inhalen die handel!
This is war

[Pengu]

en wij staan op plaats 168. Inhalen die handel!
This is war

omg

[bambipower]

Madshrimps : nog 101 Days --> pfff, das nog lang
Hardwareonline.be : nog 1 Days ---> hihi

[meon]

Naar een hint van Seal heb ik in client.cfg eens een port van 8080 naar 80 gewijzigd, maar dat lijkt niet te werken

[The_One_be]

Ben trouwens eens gaan snuffelen voor andere Belgische folding-communities en kwam bij volgende uit:
Madshrimps (130): http://folding.extremeoverclocking.com/ ... s=&t=37249
Hardwareonline (164): http://folding.extremeoverclocking.com/ ... s=&t=34037

en wij staan op plaats 168. Inhalen die handel!
This is war

hehe, ik heb net terug 2 procjes aangeslagen op het werk. 2 P4-2.4Ghz gooien zich bij in de strijd.

[gamefreak977]

Ik heb mijn maat zijn PC uitgerust met folding@home.
Hij heeft geen idee voor wat het dient maar nu sprokkelt hij regelmatig wat punten voor mij en dus ook voor UB.

[CueBoy]

Ik gebruik op het werk aan command line F@H client,
heb in de configuratie bij 'Use Internet Explorer Settings (no/yes) ?' Y(es) gekozen
en start die altijd op met volgende commandline "fah -local"...

En heb met deze setup nooit problemen gehad om voorbij de proxy te geraken... (maar heb nog nooit gelet op welke poort er geconnecteerd wordt, moet ik eerlijkheidshalve vermelden).

Hopelijk helpt dit je, maar het zou me verbazen dat je dat nog niet geprobeerd hebt. Succes !

Ik heb mijn maat zijn PC uitgerust met folding@home.
Hij heeft geen idee voor wat het dient maar ...

Euhm, ik zou jou niet als maat willen hebben zenne

...het goede doel

This is war

Hoe rijm je die twee ?

[Krekkie]

Hardwareonline.be : nog 1 Days ---> hihi

En 2 dagen later gaat het nog steeds 1 day duren?!?

[bubbs]

Folding heeft de afgelopen maand zowat stilgelegen bij mij, maar zal morgen op het werk nog maar eens een paar bakjes inschakelen...

[meon]

De proxy is dus echt wel het probleem, aangezien het een authenticated proxy is (ISA server). Ik weet niet of die op content-niveau controleert of er enkel html, gif enz voorbij komt.

Ik zal nog wat spelen, maar ik denk dat ik stilletjesaan de hoop mag opgeven ...

[Bambi]

Hardwareonline.be : nog 1 Days ---> hihi

En 2 dagen later gaat het nog steeds 1 day duren?!?

idd, vaag

[CueBoy_via_anigraphics.be]

Ik zal nog wat spelen, maar ik denk dat ik stilletjesaan de hoop mag opgeven ...

Ik zou toch niet zomaar opgeven.
Volgens mij kan je je "installatie" van de ene machine naar de andere transporteren... maar hoe je dat doet, kan het best door Hologic beantwoord worden, denk ik. Want voor zover ik mij herinner doet hij dat.

[hologic]

Hey dudes,

Aaah het gekende probleem met de firewalls/proxy's. De meeste proxy's (squid & ISA) geven problemen met de folding.

Ik heb hier een dikke 45 pc's staan op mijn werk en doordat ik achter een squid-proxy kan ik niets up/downloaden.

Maar je kan manueel je folding-mappen overkopiëren op een pc die wel aangesloten is op het internet.

Het is eigenlijk heel simpel, je kopieert gewoon de hele folding-map op een usb-stick/cd/hd. Het enigste waarvoor je moet zorgen is dat je computer-id overeenkomt op de pc waar je de gegevens upload naar het internet. De nieuwe client vanaf Fah4 zijn normaal zo slim om het automatisch aan te passen als je de key vergeet, maar ik vind het beter zo.

Je kan deze key vinden in je registry :
Key -->
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\PandeGroup]

Subkey --> [HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\PandeGroup\Folding@home]
"UserID"=hex:xx,xx,xx,xx,xx,xx

Je exporteert die key naar een reg-bestandje en steek hem in de folding-folder (zodat je hem niet vergeet).

Ik heb voor iedere pc hier gewoon een cmd bestandje gemaakt
reg import XXX (computernaam).reg
fah4console -local -verbosity 9

Nu worden automatisch de afgewerkte eenheden geupload & nieuwe gedownload. Ik kill manueel de cmd-box waarin de console draait.

Ik gebruik vooral tinkers (65-core) zonder tijdslimiet, hiermee kun je tot 10 eenheden per keer downloaden. Het enige nadeel is dat de punten minder waard zijn dan de gromacs (78-core)

Dus nog een klein overzicht :

1) installatie & configuratie Fah4console
2) export Folding-Key in de folding-map
3) Maak een cmd bestandje
4) Kopiëer de hele map op een internet-pc
5) Run je cmd

Je moet wel zorgen dat als je de map kopiëert je folding niet meer actief is, anders zullen er een aantal bestanden blijven staan.

Persoonlijk draai ik alle foldings op mijn werk in service-mode, ik gebruik trouwens nog de oude Fah4-client. Ik gebruik de tools srvany & instsrv om de console te draaien als service.

De werkwijze voor deze techniek is identiek, service gewoon stoppen en de hele map kopiëren.

Voor iedere client heb een aparte cmd in de map staan, het is werkje wat een beetje tijd in beslag neemt 's avonds, maar de cmd-files kan je de moeite tot een minimum beperken.

Op mijn upload-pc draai ik de folding in consolevorm, zo kan ik ze gemakkelijk stoppen. Wanneer je folding-map upload van een andere pc, zou ik aanraden om de Fah4 consoles/screensaver op je pc uit te schakelen totdat alles is verwerkt. Je moet er tevens voor zorgen dat je je reg-key met je computer-id gegevens ergens veilig bewaard.

Voordat je opnieuw begint te folden, eerste reg-key importeren en daarna consoles opnieuwe opstarten.

[AnD]

Ben trouwens eens gaan snuffelen voor andere Belgische folding-communities en kwam bij volgende uit:
Madshrimps (130): http://folding.extremeoverclocking.com/ ... s=&t=37249
Hardwareonline (164): http://folding.extremeoverclocking.com/ ... s=&t=34037

en wij staan op plaats 168. Inhalen die handel!
This is war

meon meent het

[bubbs]

en wij staan op plaats 168. Inhalen die handel!
This is war

In dat geval is de eerste veldslag gewonnen

[Limburg]

http://www.webwereld.nl/nieuws/19738.phtml

Wees voorzichtig!

[bambipower]

ik was aan het rondneuzen op folding site, en vond de nederlandse versie

heb ik daar nu al weken overgekeken?

[Sandman no lmogin]

mja bambi, dat was me gisteren ook al opgevallen

[bambipower]

mja bambi, dat was me gisteren ook al opgevallen

hehe, dan heb ik enkele weken geleden toch niet scheel gezien, khad er toen speciaal achter gezocht

[meon]

Het enigste waarvoor je moet zorgen is dat je computer-id overeenkomt op de pc waar je de gegevens upload naar het internet. De nieuwe client vanaf Fah4 zijn normaal zo slim om het automatisch aan te passen als je de key vergeet, maar ik vind het beter zo.

Oké, 4e poging:
Ik heb nu op 1 vaste pc daar een folding client aan de praat, ik zal zeggen wat ik gedaan heb.

1) op een pc thuis fahconsole5.exe -local gedraaid, m'n username, teamnumber en config gedaan zodat ie tinkers in batch downloadt en die laten downloaden.
2) op pc op werk fahconsole5.exe gedraaid, config laten installen als service, rest niks van aangetrokken
3) mapje van folding van pc thuis gekopieerd naar die pc, en in register die UserID overgetypt die ik op m'n pc thuis op die plek vond.
4) gereboot

En ik zie fahcore_65.exe 99% cpu nemen, dus die loopt.
Nu is m'n vraag een beetje: wat heeft die UserID-waarde in het register te betekenen? Want in jouw verhaal haal je die de hele tijd over, maar wijzigt die dan ooit en moet die per pc verschillen?

Ik heb dit actually allemaal vanuit m'n zetel hier gedaan, VPN-access en DameWare minicontrol zijn handig in zulke gevallen

[hologic]

Normaal kun je per Computer-ID 8 verschillende cliënten draaien (id 1 -8 ).

Zolang je folding-ID overeenkomt met de ID van de upload pc is het niet nodig om deze te veranderen.

In je meer dan 8 pc's hebt ben je genoodzaakt om verschillende ID's aan te maken.

Ik heb 63 verschillende foldings draaien op mijn werk. In totaal heb ik 8 verschillende computer-ID's ingebruik.

Dus om werk te vereenvoudigen heb ik voor iedere console een cmd ingebruik waarin dat de ID automatisch in de registry wordt geladen. Zo kan ik me niet vergissen

Indien je verkeerde ID's gebruikt, kan het zijn dat je scores niet meer gaan kloppen. Blijkbaar wordt er bij iedere folding een soort code meegeven waardoor dat de server op Stanford weet, welke client welk WU (workunit) heeft ontvangen.

Gebruik nu je meer dan 8 cliënten voor een ID gaat hij in de war geraken en de bepaalde WU's wissen

Dus zolang je niet meer dan 8 verschillende cliënts gebruikt van dezelfde ID, kan je rustig uploaden zonder iedere keer de ID te moeten veranderen.

[flamenca]

K heb trouwens net gezien dat er nog een derde core bijgekomen is ook: naast de Tinkers en Gromacs is er nu ook de Amber core.

10/12/2004 New core: AMBER core 82
We are releasing a new core, based on the AMBER MD code (see the FAQ for more details). The AMBER core will give us functionality not present in either the Tinker or Gromacs cores.

AMBER uses double precision only. AMBER does not currently have SSE2 specific assembly code and so it will likely run closer to Tinker than Gromacs in general performance. We are planning on adding SSE2 support in future revs, but to keep the core as stable as possible in the initial rollout, we've left it out. Keep in mind that since AMBER uses double precision, SSE2 won't help *that* much.

Since this is a new core, there may be unexpected problems. However, this core has been extensively tested in house and has done extremely well in beta testing. Also, since it doesn't use SSE2 as heavily as Gromacs or other issues which push the limits on CPUs, it will likely be less troublesome to release than the Gromacs core was.

We are very excited about the new scientific possibilities that are posssible with the new core. More news on these results as they come in!

+ nieuwe GUI 5.03 (9/11/04)

flamenca

[Gast]

+ nieuwe GUI 5.03 (9/11/04)

flamenca

thx

ff updaten

[Krekkie]

Onder andere nieuw in de versie 5.03:

White text instead of blue

Eindelijk! Die blauwe tekst was veel te moeilijk om te lezen.

[bambipower]

Eindelijk! Die blauwe tekst was veel te moeilijk om te lezen.

ik gebruikte al een paar weken daar de beta versie voor, want dat was idd strorend dat blauw

Kvind het wel jammer dat je nog steeds niet je score vind, het punten aantal van de wu, kortom wat meer info in die grafishe client

[Krekkie]

Inderdaad raar dat ze niet meer info in de grafische client laten zien. Daar dient die uiteindelijk toch voor.

[bambipower]

het loopt hier al enkele Units mis

heb al nieuwe install geprobeert, maar helpt niks

pc is niet overclockt

help !!!

Code: Selecteer alles

[06:01:19] Writing local files
[06:01:19] Completed 130000 out of 200000 steps  (65)
[06:27:07] Writing local files
[06:27:08] Completed 132000 out of 200000 steps  (66)
[06:52:56] Writing local files
[06:52:56] Completed 134000 out of 200000 steps  (67)
[07:19:18] Writing local files
[07:19:19] Completed 136000 out of 200000 steps  (68)
[07:33:27] Quit 101 - Fatal error: 
[07:33:27] Step 137082, time 274.164 (ps)  LINCS WARNING
[07:33:27] relative constraint deviation after LINCS:
[07:33:27] max 0.000404 (between atoms 70341 and 70343) rms 0.000008
[07:33:27] 
[07:33:27] Simulation instability has been encountered. The run has entered a
[07:33:27]   state from which no further progress can be made.
[07:33:27] If you often see other project units terminating early like this
[07:33:27]   too, you may wish to check the stability of your computer (issues
[07:33:27]   such as high temperature, overclocking, etc.).
[07:33:27] Going to send back what have done.
[07:33:27] logfile size: 153906
[07:33:27] - Writing 154592 bytes of core data to disk...
[07:33:27]   ... Done.
[07:33:27] 
[07:33:27] Folding@home Core Shutdown: EARLY_UNIT_END
[07:33:32] CoreStatus = 72 (114)
[07:33:32] Sending work to server


[07:33:32] + Attempting to send results
[07:33:39] + Results successfully sent
[07:33:39] Thank you for your contribution to Folding@Home.
[07:33:43] - Preparing to get new work unit...
[07:33:43] + Attempting to get work packet
[07:33:43] - Connecting to assignment server
[07:33:44] - Successful: assigned to (171.65.103.156).
[07:33:44] + News From Folding@Home: Welcome to Folding@Home
[07:33:44] Loaded queue successfully.
[07:33:45] + Closed connections
[07:33:50] 
[07:33:50] + Processing work unit
[07:33:50] Core required: FahCore_65.exe
[07:33:50] Core found.
[07:33:50] Working on Unit 00 [November 12 07:33:50]
[07:33:50] + Working ...
[07:33:50] Folding@Home Client Core Version 2.53 (June 29, 2004)
[07:33:50] 
[07:33:50] Proj: work/wudata_00
[07:33:50] Done: 22951 -> 142981 (decompressed 622.9 percent)
[07:33:50] nsteps: 5000000 dt: 2.000000 dt_dump: 250.000000 temperature: 355.000000
[07:33:50] xyzfile:
[07:33:50] "   393  p112_p678_L939_K12M_355K
[07:33:50]      1  N     25.000107   40.236703  -62.763639..."
[07:33:50] keyfile:
[07:33:50] "parameters   ./proj1124.prm
[07:33:50] NOVERSION
[07:33:50] ARCHIVE
[07:33:50] 
[07:33:50] cutoff        16.0
[07:33:50] taper         12..."
[07:33:50] 
[07:33:50] - Couldn't get size info for dyn file: work/wudata_00.dyn
[07:33:50] Starting from initial work packet
[07:33:50] 
[07:33:50] Protein: p112_p678_L939_K12M_355K
[07:33:50] - Run: 22 (Clone 53, Gen 5)
[07:33:50] - Frames Completed: 0, Remaining: 400
[07:33:50] - Dynamic steps required: 5000000
[07:33:50] 
[07:33:50] Writing local files:
[07:33:50] 
[07:33:50] parameters          work/wudata_00.prm
[07:33:50] - Writing "work/wudata_00.key": (overwrite) successful.
[07:33:50] - Writing "work/wudata_00.xyz": (overwrite) successful.
[07:33:51] - Writing "work/wudata_00.prm": (overwrite) successful.
[07:33:51] - Writing "work/wudata_00.key": (append) successful.
[07:33:51] 
[07:33:51] PROJECT="work/wudata_00", NSTEPS=5000000, DT=2.0000, DTDUMP=25.000000, TEMP=355.00
[07:33:51] TINKER: Software Tools for Molecular Design
[07:33:51] Version 3.8  October 2000
[07:33:51] Copyright (c)  Jay William Ponder 1990-2000
[07:33:51] portions Copyright (c)  Michael Shirts 2001
[07:33:51] portions Copyright (c)  Vijay S Pande 2001
[07:39:37] Finished a frame (1)
[07:45:14] Finished a frame (2)

[CueBoy]

Op Tweakers.net gaat het hier ook over die fout.

Was het bij jou ook een "1308" WU ? (blijkbaar geven deze WU regelmatig dit probleem - alhoewel ikzelf er al 1 zo'n WU zonder problemen heb afgewerkt)

[bambipower]

Op Tweakers.net gaat het hier ook over die fout.

Was het bij jou ook een "1308" WU ? (blijkbaar geven deze WU regelmatig dit probleem - alhoewel ikzelf er al 1 zo'n WU zonder problemen heb afgewerkt)

idd Cueboy

het is een 1308 project

Code: Selecteer alles

[17:53:59] - Expanded 3017106 -> 23267593 (decompressed 771.1 percent)
[17:54:00] 
[17:54:00] Project: 1308 (Run 739, Clone 2, Gen 6)
[17:54:00] 

thx, nu ben ik andere aan het vouwen en zal het probleem nu niet hebben

thx

[CueBoy]

Heb nu zelf een "fatal error" gehad in een WU (ook een 1308)... Er werd wel een deel van het resultaat gezonden. Wat ik me daar bij afvroeg ? Krijg je dan ook een deel van de punten ?


/edit : ffkes het juiste WU'ke ingevuld

[meon]

Snif, ik merk dat ik weer een plaatsje gezakt ben met folding
En zeggen dat ik ooit op 2 stond in de UB-rangschikking

Maar om weer eens een nieuwe milestone in het vooruitzicht te stellen: we staan nu op plaats 143 gerangschikt en madshrimps.be op 137. Volgens het team overtake-overzicht moeten we deze over zo'n 2 maanden voorbij steken. Dat moet sneller kunnen. Ik zal binnenkort nog eens wat WU'tjes uploaden, maar jullie moeten ook moeite doen. Dus als je nog een werkloze pc ergens heb staan: doe hem zweten! In deze koude wintermaanden moet dat het bijkomende voordeel hebben de mazout-factuur te doen drukken

[Sensei Zeon]

Ik laat mijn laptopje tegenwoordig ook terug folden dus zal het wat rapper gaan (als ik nu nog zou vinden welke pc er zonder team fold :/ )

[bke]

nevermind

[bke]

http://www.webwereld.nl/nieuws/19738.phtml

Wees voorzichtig!

Arme persoon...

OMG, ik dacht dak op het einde van het topic zat, ik zat dus op het einde van de eerste pagina

[CueBoy]

Heb nu zelf een "fatal error" gehad in een WU (ook een 1308)... Er werd wel een deel van het resultaat gezonden. Wat ik me daar bij afvroeg ? Krijg je dan ook een deel van de punten ?

Kan ik nu zelf op antwoorden : JA dus.

[meon]

Ik heb dus eens op het werk een paar pc's aan het folden gezet, dat is gelukt; dat bewijst de aanwezigheid van files als logfile_00.txt -> logfile_09.txt en wuresults_00.dat -> wuresults_09.dat.

Nu wilde ik die eens terug uploaden, maar ... helaas pindakaas, daar gaat het mis: ik heb de hele work-dir en queue.dat telkens gekopieerd, de rest leken mij slechts logfiles en de core zelf.

Maar nu wil ik dus verzenden, ik start in een console "fahconsole.exe -local" en dan krijg ik dit:

Code: Selecteer alles

[21:41:56] - Ask before connecting: No
[21:41:56] - User name: [UB]meon (Team 34517)
[21:41:56] - User ID: CD85CC70807A0B9
[21:41:56] - Machine ID: 2
[21:41:56]
[21:41:56] Loaded queue successfully.
[21:41:56] + Benchmarking ...
[21:42:03] - Preparing to get new work units...
[21:42:03] + Attempting to get work packet
[21:42:03] - Connecting to assignment server
[21:42:03] - Successful: assigned to (171.64.122.112).
[21:42:03] + News From Folding@Home: Welcome to Folding@Home
[21:42:03] Loaded queue successfully.
[21:42:04] - Deadline time not received.
[21:42:04] + Closed connections
[21:42:04]
[21:42:04] + Processing work unit
[21:42:04] Core required: FahCore_65.exe
[21:42:04] Core found.
[21:42:04] Working on Unit 01 [December 6 21:42:04]
[21:42:04] + Working ...
[21:42:05] Folding@Home Client Core Version 2.53 (June 29, 2004)
[21:42:05]
[21:42:05] Proj: work/wudata_01
[21:42:05]
[21:42:05] Folding@home Core Shutdown: MISSING_WORK_FILES
[21:42:09] CoreStatus = 74 (116)
[21:42:09] The core could not find the work files specified. Removing from queue

[21:42:09] Deleting current work unit & continuing...
[21:42:13] + Closed connections
[21:42:18]

En zo loopt het dus door. Wat doe ik mis? Of heb ik nog meer nodig?

[hologic]

Dag Meon,

Voor het doorsturen van je foldings kan je beter de volledige directory meenemen. Het manueel verplaatsen van enkele bestanden geeft meestal brol. Je kan ook eerste checken door FAH4console -local -queueinfo in te geven. Dan geeft hij een overzicht van de WU's (ready is nog niet klaar, done is klaar)

Om je foldings monitoren gebruik ik EMIII (electron microscope), vrij uitgebreide monitoring en fahmon (eenvoudiger).

Zou kan je zien wanneer een WU volledig afgewerkt is

EMIII: http://www.em-dc.com/
Fahmon:http://fahmon.silent-blade.org/

Om bij EMIII de nieuwe FAH502console.exe te gebruiken, moet je deze hernoemen naar FAH500console.exe of FAH4console.exe (nieuwe naam is nog niet geïmplementeerd)

Gewoon zorgen dat je rechten hebt op de gesharede folders.

[meon]

Ik had gewoon snelkoppelingen naar unitinfo.txt in een mapje gezet, dat gaat ook
Ik zal eens zien wat die proggeltjes zijn, lijken me wel interessant.
Ik heb wel de console-exe's naar gewoon folding.exe genoemd ...
Alleen spijtig dat je maar 10 units ineens kan. Op minder dan een week zijn die op de snellere systemen gedaan, op die manier ben je wel effe bezig telkens met dingen kopieren en zo ...
Overigens is dat dus wél voldoende, die work-map en de queue.dat, op de eerste map die ik probeerde was om zeep, vandaar dat die niet lukte. De andere zijn blijkbaar wél in orde. Heb ik wel 10 units gefold zonder dat ik ze geupload krijg